警員告訴程慈航(喬振宇 飾)，尸檢顯示劉阿常(馬侖 飾)是酒后失足溺水身亡。程慈航發現劉阿常手中緊緊攥著一個玉佛。劉阿常的被殺，似一道閃電把程慈航心照得通亮，又被撕得隱隱作痛，他已經可以把事情的始末完整地還原出來，但還缺乏五九檔案的下落。

程慈航不知道劉阿常握著這個玉佛到底想說明什么，他在劉阿常家中發現《妙法蓮華經》中藏著嚴達慶(王品一 飾)在茅山監獄的檔案，原來安排嚴達慶到茅山監獄工作的竟然是莫采石(巫剛 飾)，程慈航的莫叔叔。所有的鏈條都能串起來了，程慈航一下陷入進退兩難的境地，他不知道該何去何從。這時，座鐘的報時驚醒了程慈航，他仔細觀察座鐘，發現竟然不是父親的遺物，原來，莫采石一直都在騙自己！

程慈航到靈谷寺還經書時得知，憲兵隊入住藏經閣是在受降式的第二天。他想到以前查侍從室時有個特別行動隊，他們一直守護著某處藏經地方。程慈航這時又想起原來發現的綠色漆皮，他把所有的線索放在一起，推斷出五九檔案就在藏經閣，程慈航要進藏經閣一探究竟。

程慈航趕到警察廳，就被關天平(司源 飾)拉到屋子里。關天平向程慈航坦誠自己是共產黨員，他希望程慈航能夠幫自己的組織找到五九檔案，交給遠東國際法庭，為四萬萬中國同胞報仇。關天平邀請程慈航為了民族利益加入共產黨。程慈航以自己是獨立大偵探為由拒絕了關天平的邀請，關天平承諾愿意無條件幫助程慈航找五九檔案。這邊，霍蜜兒(郭曉婷 飾)為了幫程慈航弄到委員長手諭，她闖進霍然(屈剛 飾)辦公室，逼走衛兵，找到蔣介石給霍然一道的手諭，找人仿制了一張總裁手諭。

莫采石被五九檔案這個魔咒折磨得寢食難安，他即將崩潰，甚至聞到了死亡的氣息。這時，孫副官送來侍從室要求用五九檔案和美國人談判的密函，莫采石長長地松了口氣，一時悲喜交加。莫采石找到哈金斯，代表政府和哈金斯商談交易五九檔案的條件，莫采石提出要一大筆資金，好安排程慈航和霍蜜兒到美國生活。

條條線索直指莫采石就是五九檔案的持有人，程慈航決心和關天平、方捷(張天霖 飾)等人聯手尋找五九檔案。這時，覬覦五九檔案已久的小野等人聞風而至。