喝得醉醺醺的霍蜜兒(郭曉婷 飾)假裝溫柔地靠近嚴達慶(王品一 飾)，把他的配槍拔了出來，逼著嚴達慶離開辦公室。

嚴達慶離開之后，趕緊打電話給霍然(屈剛 飾)，誣陷程慈航(喬振宇 飾)妄圖把霍蜜兒灌醉欲行不軌。霍然勃然大怒，立即要到警察廳找程慈航算賬。霍然趕到警察廳，看見女兒和程慈航互相攙扶著出來，生氣地指著程慈航大罵，要依法處理程慈航。霍蜜兒趕忙把霍然推開，程慈航勸霍蜜兒回家，任性刁蠻的霍蜜兒乖乖地上車。

冒充許老二義弟周亢的程慈航在街上看到一個熟悉的身影，他立即辨認出是那日和哈金斯會面的人，連忙跟了上去。這人正是混入錦線內部的日本特務宮本，錦線弟子發現他的行蹤，立即進行圍攻。危難時刻，程慈航出手把倒在地上的宮本救了下來。

酒桌之上，程慈航和宮本都沒有把真實姓名告訴對方，程慈航謊稱自己是為五九檔案才千里迢迢來到南京。宮本受程慈航的救命之恩，加上他武功高強，宮本馬上答應和程慈航聯手查找五九檔案。這一幕都被一直尾隨程慈航的劉猛看到，他認出和程慈航在一起的是殺人犯劉振亮(周翔 飾)，趕忙告訴嚴達慶這一情況。嚴達慶決定公報私仇，把程慈航的問題徹底解決。酒酣耳熱的程慈航發現趕來的警察，二人慌忙跳窗而逃，逃到一所小院，程慈航發現無路可逃，他掩護宮本先逃。面對愛情和事業的雙重競爭對手，嚴達慶一槍托就把程慈航額頭砸得鮮血直流。忍無可忍的程慈航一把奪過嚴達慶手中的槍，把他摁倒在地，看到關天平(司源 飾)講情，想到同事一場，程慈航決定放嚴達慶一馬。不成想嚴達慶撿起槍又沖著程慈航連開數槍——彈匣已被程慈航卸下。

程慈航受傷，歐陽倩(安以軒 飾)抓緊時間幫他處理傷口，霍蜜兒則要找嚴達慶算賬。莫采石(巫剛 飾)得知嚴達慶又對程慈航下死手，警告嚴達慶如有下次定會讓他生不如死。等到霍然來到警察廳，莫采石拿出嚴達慶要求法辦程慈航的報告讓霍然決定，霍然假裝生氣讓嚴達慶陳述事實。程慈航以借許老二之名發現線索而又不愿暴露身份為由解釋事情原委。莫采石對程慈航做出停職處理，老奸巨猾的霍然只好停嚴達慶一月薪水。各打五十大板，暗中較量的總長和廳長找到了平衡點。

接受馬副官建議的莫采石暗中給程慈航置辦了一處新的居所，他像父親對兒子一樣對程慈航關懷備至。

戴罪立功的宮本準備找一些江湖人士，從南京的高官府邸和各大使館搜查五九檔案的下落，并栽贓錦線。不幾天，南京就接連發生大使館被盜案件，霍然斥責莫采石辦事不力。手下無人，莫采石也束手無策。霍然只好讓莫采石恢復程慈航職務，并由自己做嚴達慶的工作。壓力極大的霍然坐鎮警察廳催促辦案，竟然接到霍蜜兒找程慈航的電話。

程慈航得以名正言順地勘察現場，均發現遺留有一種同樣的花瓣。程慈航認為這應該是某個團伙的標志，歐陽倩假裝不知。其實她一眼就看出這是錦線的標志——曇花，她想不明白到底是誰栽贓陷害錦線，她趕忙讓齊掌柜讓師傅出山。

程慈航推斷飛賊的目的應該是五九檔案，他急于到中央植物院弄清這種花到底是什么，歐陽倩借口整理材料不愿和他一起去。程慈航剛出警察廳大門就遇到霍蜜兒，霍蜜兒幫程慈航打通關節進入中央植物院，植物院劉院長告訴程慈航，這種花是曇花，很少有人見過。