Zero率領黑色騎士團在成田連山進行著沒有退路的一戰，準備就此打垮柯內利婭。卡蓮駕駛最新的機型紅蓮二式英勇作戰。操作人員受Geass影響解體了應對地震的構造，戰事火熱，Zero將阿什福特學園作為臨時司令部，想用黑色騎士團的力量保護娜娜莉，卡蓮摘下面罩面對學生會的大家，維萊塔的記憶恢復，打傷扇要逃了出來，朱雀駕駛lancelot想要向Zero復仇卻又一次被騙到了力場里不能動彈，娜娜莉叫走了原本貼身在側的好友們，只剩自己一個人房內而被V.V.悄無聲息地帶走，將軍達爾頓因Geass而襲擊柯內利婭，柯內利婭受傷，達爾頓命令結束后被Zero滅口。
在第一次黑色叛亂中，為了救出被V.V.劫走的妹妹娜娜莉，魯路修與C.C.駕駛高文率先脫離戰場，C.C.在戰機能量耗盡的情況下不惜和杰里米亞一起沉入過神根島的海底，最后魯路修在神根島遺跡和已發現其真實身份的朱雀對決，被朱雀抓走帶給皇帝查爾斯，并先后兩次被施加Geass造成洗腦和失憶。 在黑色叛亂之后的一年間，第二次被篡改記憶的魯路修忘記了自己的陰暗身份，將布里塔尼亞機情局派遣的監視員羅洛·蘭佩路基當作自己的親弟弟，一同平靜的生活在阿什弗德學園，之后被C.C.找到，解除了Geass封印，恢復了記憶，在中華聯邦駐東京租界的領事館內宣布Zero復出。