甲賀的中央有座海拔664米的飯道山，自古以來就是天臺宗的三大修行道場之一，這里有很多修驗者。他們因為曾在各地云游修行，掌握了很多各地的情報，所以這里也成為了一個情報的交換場所。因此，這里的修驗者也就可以與各地的戰國大名們發生聯系，而且能夠更加早的知道時局的變化。這些修驗者當中有不少身懷異能的人，其中一些人定居在這里，形成了甲賀忍者的原形。
現在的日本滋賀縣甲賀市、湖南市，正是甲賀流忍術的發源地。和伊賀流忍者一樣，甲賀流忍者表面上也是以農業商業為謀生手段，而在需要的時候，則以忍者的身份活躍在戰場上。比較特殊的是，甲賀流忍者尤其擅長藥物的使用。
就在分別身為甲賀流和伊賀流之人的弦之介與朧約會之際，前來尋找朧的伊賀眾人欲勸朧回去，就在此時，眾人遇到爭斗不休的丈助和臘齋老，伊賀眾人在從丈助那里的首領卷軸中得知兩家已經解除不戰之約，而后伊賀眾人假意邀請身為甲賀流的弦之介和丈助到伊賀一游。卷軸傳回伊賀后，眾人知曉雙方首領已死的消息，至此，兩家的戰爭也正式拉開。