明朝末年，神宗長子朱常洛(劉文治 飾)（泰昌帝）老來得子，是為皇三子朱由校(文章 飾)，此時錦衣衛校尉楊天石(譚凱 飾)接到線報：“刺客入宮”，迅即入宮侍衛，誰知潛入宮禁暗殺三皇子者竟是楊結拜兄弟之一蕭云天(王九勝 飾)，楊天石拼死護救，皇子生母仍被殺，蕭亦自盡。現場線索發現，殺手竟為皇嫡子朱由檢生母、當朝皇后所派。老皇帝悲恨之余，欲立朱由校為太子，遭首輔楊漣(田成仁 飾)強烈反對，皇帝遂徙楊漣，并命楊天石鴆殺皇后，但楊天石卻對皇長子朱由榿(李強 飾)及錦衣衛指揮使錢仕達(馬少驊 飾)心生疑惑。 宮禁失察，錢仕達及魏公公俱被責罰，為迷惑圣聰，魏及楊天石另一結拜兄弟錢寧(郭昊倫 飾)，找來與被刺皇妃長像相似的京師第一美女客印月為乳娘。客印月因被盜賊李進忠奸污失身并生下一子，俱為楊天石所救，二人生出刻骨銘心之愛，但客為救李進忠之命，私自進宮為皇三子做乳娘，皇帝見之，龍顏大悅，封客印月為奉圣夫人并據為己有。客印月鎖居宮中十六年，竟未能見情人楊天石一面，只有飛鴿傳情。客印月與李之子也被天石養大，取名布衣，而李進忠亦自宮為太監，拜魏公公為義父，更名魏忠賢。忽遼東事變，后金入寇。朱由檢代父出征，寧遠一役，努爾哈赤被炸死，朱由檢一戰而勝，太子之位，非他莫屬。而此時朱由校也被布衣從朱由榿派來的殺手刀下所救，二人遂結拜為兄弟。朱由校從小滿懷仇恨，心靈扭曲，他利用楊天石及客印月一家三口之曖昧關系，殺死朱由榿及錢仕達，并弒君奪嫡，繼位登基，是為天啟皇帝。朱弒君之際，性情大亂，亂倫奸污客印月，并欲據為己有，客印月逃出宮禁，流亡江南，為天下狂禪、致仕后淪落江湖且為昆劇班主的李贄(陳友旺 飾)先生看重，以客印月為千古絕唱《牡丹亭》主演。楊天石苦尋至江南，與客印月終于復合，卻再次陷入宮廷政變的血雨腥風之中。 藩邸江南的朱由檢秘密秣馬厲兵，收服與朱由校有殺父之仇的錦衣衛錢寧為其所用。得知朱由校皇子即將誕生，即派先前詐死的蕭云天前去行刺，胎兒母子俱死，蕭亦死于魏忠賢及其東廠之手，天石及錢寧十分悲痛。朱由校得知皇兄朱由檢陰謀，親率錦衣衛大軍討伐江南，但心中念念不忘者，仍是淫念太深的對象客印月。朱由檢遂利用客印月，引誘朱由校身陷信王府，以巨金購置的西洋火炮將王府炸成廢墟。朱由校死后，朱由檢繼位，是為明朝最后一代皇帝崇禎。千鈞一發之際，竟是終生唯利是圖的錢寧救了楊天石和客印月一家人的命，這個生前的花花公子，臨難之際，壯懷激烈。 錦衣衛作為宮廷侍衛軍，法外之法的刑訊機構，即在君主絕對專制的中國封建社會，亦屬獨一無二。本劇三位錦衣衛，蕭天云惟命是從，錢寧唯利是從，楊天石惟情是從，糾纏著明末天下第一美女客印月的愛恨情仇，伴隨著三代皇帝父子兄弟相殘的血雨腥風，演出了一曲抗爭政治黑暗、尋覓真情良知的曠世悲歌。